電子帳簿保存法に合わせた請求書の保存方法｜受け取りから保存までの流れ

取引先からの請求書が、紙の郵送からメール添付のPDFや、取引先が用意したWebの画面からのダウンロードに変わってきました。経理の担当者が受け取ったPDFを印刷し、上長の印をもらってファイルにとじる。この流れを長く続けてきた会社は多いはずです。ところが、電子帳簿保存法では、電子で受け取った請求書は電子のまま保存することが求められています。この記事では、メールやPDFで届く請求書を印刷せずに保存するための流れを、受け取り、ファイル名、検索できる状態での保存、紙との混在の扱いの順に、社内で決めることを中心に整理します。

1. 印刷してとじるだけでは足りない理由

電子帳簿保存法では、メールやWebなど電子のやりとりで受け取った取引の書類を「電子取引」のデータとして扱います。請求書のPDFをメールで受け取った場合、正本はそのPDFです。印刷した紙は手元の控えにはなりますが、PDFそのものを決まった形で残していなければ、保存したことになりません。メールの受信箱に入ったままになっている、担当者のパソコンのデスクトップに散らばっている、という状態も、探せない・消えるおそれがあるという点で不十分です。まずは、自社でどんな受け取り方をしているかを洗い出すところから始めます。

• ・メールに添付されたPDFの請求書
• ・取引先のWeb請求書サービスの画面からダウンロードするPDFやデータ
• ・取引先の受発注の仕組み（EDIなど）で届く請求データ
• ・クラウドの共有フォルダに置かれる請求書
• ・複合機でFAXを受信し、紙に出さずにPDFで保存している請求書（扱いは税理士に確認）

電子取引のデータを保存するときに求められる中身は、大きく分けて二つです。ひとつは、受け取ったあとに書き換えていないことを示せること。もうひとつは、税務調査などで求められたときに、すぐに画面に出して見せられ、条件を指定して探し出せることです。難しく聞こえますが、社内でやることに置き換えると、次の表のようになります。

2. 受け取りの窓口をひとつにする

保存のルールを決める前に、請求書がどこに届いているかをそろえます。製造業や建設業では、仕入先の請求書は資材の担当者に、協力会社の請求書は現場の所長に、設備業者の請求書は工場長に、と人ごとに届いていることがよくあります。窓口がばらばらだと、保存の漏れや二重保存が起き、月末に経理が一件ずつ聞いて回ることになります。取引先に請求書の送り先として、経理用の共通のメールアドレスを伝え、そこに集めるのが最初の一歩です。

• ・請求書専用の共通メールアドレスをつくり、経理の担当者が複数人で見られるようにする
• ・取引先の一覧をつくり、それぞれ「メール」「Webからダウンロード」「紙で郵送」のどれで届くかを書き込む
• ・Webからダウンロードする取引先は、誰が、毎月いつまでに取りに行くかを決める
• ・現場や工場に直接届いたPDFは、受け取った人が共通アドレスへ転送するルールにする
• ・取引先へは、送り先の変更を文書かメールで一斉に知らせる

3. 受け取ってから保存するまでの流れ

この流れで押さえておきたいのは、PDFの中身を直さないことです。金額の違いを見つけたときに、受け取ったPDFに手書きの修正を入れたり、別のソフトで書き換えたりすると、書き換えていないことを示せなくなります。間違いがあれば取引先に再発行を頼み、元のPDFと再発行されたPDFの両方を残しておきます。承認の印についても、紙に押す代わりに「誰が、いつ確認したか」をメールや一覧表で残しておけば、印刷する必要はなくなります。

4. ファイル名の付け方を決める

専用のソフトを使わずに始める場合、探せる状態にするいちばん手軽な方法がファイル名のルールです。取引年月日・取引先・金額の三つをファイル名に入れておけば、パソコンのフォルダ検索で取引先名や日付から探せます。取引先から届いたPDFのファイル名は「請求書.pdf」「invoice」など、取引先ごとにまちまちなので、保存するときに必ず付け直します。並び順は、日付を先頭にすると時系列に並び、月ごとの確認がしやすくなります。

ルールは決めただけでは崩れます。担当者が二人以上いる会社では、略称の書き方がそれぞれ違ってしまい、同じ取引先なのに検索で出てこない、ということが起きます。取引先一覧に略称の欄をつくり、新しい取引先が増えたらそこに書き足してから保存する、という順番にしておくと崩れにくくなります。

• ・ファイル名に使わない記号（スラッシュ、コロン、疑問符など）を決めておく
• ・一つのPDFに複数枚の請求書が入っているときは、請求書ごとに分けるか、索引簿で一件ずつ記録する
• ・ファイル名を付け直すのは「受付用フォルダから保存用フォルダへ移すとき」と決め、作業のタイミングを一つにする
• ・月末に、保存用フォルダの件数と会計ソフトに入力した件数が合っているかを見比べる

5. 検索できる状態で保存し、改ざんしていないと示す

探せる状態にする方法は、ファイル名のルールのほかにもあります。Excelで索引簿をつくり、ファイル名には連番だけを付けて、索引簿で取引日・取引先・金額を引けるようにするやり方です。また、電子帳簿保存法に対応した保存用のソフトや、会計ソフトの保存機能を使う方法もあります。どれを選ぶかは、月に届く請求書の量と、経理の担当者の人数で考えます。日付や金額の範囲で探す、二つの項目を組み合わせて探すといった細かい要件は、会社の規模などによって扱いが変わる場合があるため、税理士に確認してください。

書き換えていないことを示す方法としては、受け取ったデータに時刻の証明を付ける方法、訂正や削除の記録が残るソフトを使う方法などがありますが、特別な道具を使わない会社が選びやすいのは、訂正・削除の防止に関する事務処理規程をつくり、その通りに運用する方法です。国税庁が規程のひな形を公開しているので、それをもとに自社の担当者名や手順に書き換えて使います。規程は、つくって終わりではなく、規程に書いた通りに動いていることが前提になります。

• ・保存の責任者と、実際に作業する担当者の名前（役職）
• ・受け取ったデータは原則として訂正・削除しないこと
• ・やむを得ず訂正・削除するときの申請と承認の手順
• ・訂正・削除をした場合に、その内容・理由・日付・処理した人を記録して残すこと
• ・保存場所（フォルダやソフト）と、保存期間の扱い

6. 紙で届く請求書との混在の扱い

製造業や建設業では、協力会社や地元の業者から紙の請求書が郵送で届くことも、まだ多く残っています。紙で受け取った請求書は、これまで通り紙のまま保存できます。スキャナで読み取って電子で保存することもできますが、こちらは別の要件があるため、紙のまま残すか、スキャンに切り替えるかは税理士と相談して決めます。混乱しやすいのは、同じ取引先でも月によって紙とPDFが混ざる場合です。届き方ごとに保存のしかたを決めておき、迷ったら表を見る、という形にしておきます。

紙と電子が混ざっていても、索引簿をひとつにしておくと、取引先や月ごとの請求書が全部そろっているかを一か所で確認できます。索引簿に「届き方」の列を足し、紙の請求書にも同じ連番を書いておけば、紙のファイルと電子のフォルダを行き来しやすくなります。紙で届く取引先には、次の契約更新のときなどに、PDFでの送付に切り替えられないかを聞いておくと、少しずつ電子にそろっていきます。

7. 保存に加えて入力の手間まで減らすには

ここまでの運用で、保存の形は整います。ただ、ファイル名の付け直しや索引簿への記録、会計ソフトへの入力は、どれも請求書を見ながら取引日・取引先・金額を打ち込む作業で、同じ情報を何度も書き写していることになります。AIの読み取りを使うと、PDFから取引日・取引先・金額を読み取り、ファイル名の付け直しと索引簿への記録、会計ソフトへの取り込み用のデータづくりまでをまとめて下書きできます。担当者の仕事は、手入力から、読み取り結果が請求書と合っているかの確認に変わります。

保存用のソフトや会計ソフトの機能を新しく入れる場合、国の補助金が使えることがあります。デジタル化・AI導入補助金は、事務局に登録されたソフトやクラウドサービスの導入が対象で、通常枠のほかにインボイス枠があります。2026年度の1次締切はすでに過ぎており、2次以降の日程は事務局の発表を待つ形になります。使う場合は、登録された支援事業者と一緒に申請します。

8. 始める前に税理士へ確認しておくこと

社内のルールを決める前に、顧問の税理士に確認しておくと手戻りが減ります。聞く内容をあらかじめまとめ、自社の受け取り方の一覧と、つくろうとしているファイル名のルール、事務処理規程の案を持って相談すると、話が早く進みます。

• ・自社の受け取り方のうち、電子取引にあたるものはどれか（複合機でのFAX受信を含む）
• ・自社の規模で、検索の要件にどこまで対応すればよいか
• ・保存期間と、年度をまたいだデータの残し方
• ・事務処理規程の案に足りない項目はないか
• ・紙で届く請求書をスキャンに切り替える場合の条件
• ・すぐに体制を整えられない場合の猶予の扱いと、その条件

次にやることは三つです。一つ目に、取引先の一覧をつくり、それぞれの請求書の届き方を書き込みます。二つ目に、共通のメールアドレスと受付用・保存用のフォルダを用意し、ファイル名のルールを紙一枚にまとめます。三つ目に、その一覧とルールの案を持って税理士に相談し、事務処理規程を仕上げます。来月届く請求書から新しい流れで保存し、月末に件数を見比べて、ルールに無理がないかを確かめてください。